O Programa de Pós Graduação em Ciência da Computação tem a honra de convidar toda a comunidade acadêmica para participar da Defesa de Dissertação de Mestrado abaixo relacionada:
1) Aluno: Renato Renison Moreira Oliveira
Matrícula: 201520070005 Titulo: "GAVGA: Um Algoritmo Genético para Montagem de Genomas Virais".
Orientador: Prof. Dr. Claudomiro de Souza de Sales Junior Data: 11/10/2017.
Hora:10 h
Local: LABCOMP 1 do Instituto de Ciências Exatas e Naturais da Ufpa.
Banca Examinadora:
PROF. DR. CLAUDOMIRO DE SOUZA DE SALES JUNIOR - ORIENTADOR – (PPGCC/UFPA)
A bioinformática tem crescido consideravelmente desde o desenvolvimento do primeiro sequenciador de DNA, sendo bastante utilizada atualmente para análise e tratamento dos dados gerados pelos chamados sequenciadores de nova geração. Genomas virais representam um grande desafio para a bioinformática pelo fato de apresentarem uma alta taxa de mutação, o que os permite formar quasi-espécies em um mesmo hospedeiro infectado, dificultando bastante a montagem e posterior análise desses genomas virais. Neste trabalho, foi implementado e avaliado o desempenho de um algoritmo genético, chamado GAVGA, que realiza a montagem de genomas virais. O processo de montagem do GAVGA primeiramente realiza a clusterização das sequências (reads) que compartilham uma substring comum (seed) e, para cada cluster, é utilizado um algoritmo genético para verificar se há sobreposição entre as reads, dada uma porcentagem de similaridade mínima. Os resultados do GAVGA foram comparados aos montadores Newbler, SPAdes e ABySS, assim como também ao montador viral VICUNA. Tais resultados confirmaram que o GAVGA montou corretamente as sequências, obtendo dados melhores que dos outros montadores. O GAVGA foi implementado em Python 2.7+ e pode ser baixado no endereço https://sourceforge.net/projects/gavga-assembler/.
Palavras-chave: Bioinformática, Inteligência Artificial, Montagem de genomas, Vírus, Algoritmos genéticos.
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